ปุ๋ยอินทรีย์ คือ สารที่ผลิตจากการหมักวัสดุที่ประกอบไปด้วยสิ่งที่มีชีวิต ได้แก่ พืช สัตว์ และจุลินทรีย์ ผ่านกระบวนการผลิตทางธรรมชาติ ส่วนใหญ่ใช้ในการปรับปรุงสมบัติทางกายภาพของดิน ทำให้ดินโปร่ง ร่วนซุย ระบายน้ำ และถ่ายเทอากาศได้ดี ปุ๋ยอินทรีย์เป็นธาตุอาหารของพืช ส่วนใหญ่อยู่ในรูปของสารประกอบอินทรีย์ เช่น ไนโตรเจนอยู่ในสารประกอบจำพวกโปรตีน แต่พืชไม่สามารถดูดไปใช้ได้ทันที ต้องผ่านกระบวนการย่อยสลายของจุลินทรีย์ในดิน แล้วปลดปล่อยธาตุอาหารในรูปสารประกอบอินทรีย์ ปุ๋ยอินทรีย์มีหลาบประเภท

1. ปุ๋ยหมัก ที่นำเอาเศษชิ้นส่วนของพืช หรือวัสดุเหลือใช้ต่างที่ได้จากพืช เช่น เศษหญ้า ใบไม้ ซังข้าวโพด มาหมักในรูปของการกองซ้อนกันผ่านกระบวนการย่อยสลายของจุลินทรีย์จนได้สารอินทรีย์วัตถุ ที่มีความคงทน ไม่มีกลิ่น มีสีน้ำตาลปนดำ
2. ปุ๋ยคอก ที่ได้จากมูลสัตว์เลี้ยงเช่น โค กระบือ สุกร เป็ด ไก่ โดยใช้ปุ๋ยคอกสด หรือ แห้ง นำไปหมักให้เกิดการย่อยสลาย แล้วนำไปใช้ได้ ซึ่งการใช้แบบสดอาจทำให้เกิดความร้อน มีการดึงธาตุอาหารบางตัวไปใช้ในการย่อยสลายมูลสัตว์ อาจทำให้พืชเหี่ยวตายได้
3. ปุ๋ยพืชสด เป็นปุ๋ยที่ได้จากการสลายตัวของพืชที่ยังสดหรือยังเขียวอยู่ จากการปลูกพืชบำรุงดิน ได้แก่พืชตระกูลถั่วที่สามารถตรึงไนโตรเจนจากอากาศ แล้วนำมาไถกลบ ทำให้สลายตัวในดินเป็นปุ๋ยให้แก่พืช
4. ปุ๋ยปลา มีหลายสูตร เช่น 10-5-5, 0-10-10
5. ปุ๋ยกระดูก เป็นปุ๋ยที่สลายตัวช้าและอยู่ได้นาน มีกรดฟอสฟอรัสสูง มีไนโตรเจนต่ำ มักไม่เป็นอันตรายแก่พืชถ้าเกิดใส่ในปริมาณมากเพราะเป็นปุ๋ยละลายช้า ใสในอัตรา 1 ช้อนโต๊ะต่อต้น
6. ปุ๋ยเลือด เป็นปุ๋ยที่มีไนโตรเจนสูบบ ประมาณ 12-14% สามารถนำไปใช้สร้างต้นโตได้อย่างรวดเร็ว ใช้มากเกินไปอาจทำให้รากไหม้ได้ อัตราส่วน 1 ช้อนโต๊ะต่อต้น
7. ปุ๋ยแคลเซียม มีมากในดินทั่วๆไป หรือจะใส่หินปูนเพิ่ม 2 ช้อนโต๊ะต่อต้นก็ได้